La persona titular de este órgano es elegida por mayoría de tres quintas partes de los 70 diputados del Parlamento de Canarias, y para su revocación o cese es preciso el voto del mismo porcentaje de parlamentarios. Su mandato es de cinco años, renovable por una sola vez, y ha de ser elegido entre personas de reconocido prestigio y competencia profesional. En consecuencia, no tiene dependencia orgánica ni funcional del Gobierno de Canarias, Cabildos o Ayuntamientos sobre los que ejerce el control en materia de transparencia y acceso a la información pública.
Para garantizar esa autonomía e independencia, el cargo de comisionado o comisionada de Transparencia y Acceso a la Información Pública es incompatible con todo mandato representativo, con todo cargo político o actividad de propaganda política, con la permanencia en el servicio activo de cualquier administración pública o empresa, o con la afiliación a un partido político o sindicato.
Las administraciones y demás entidades incluidas en el ámbito de aplicación de la Ley tienen el deber de facilitarle al Comisionado toda la información que les solicite, así como la obligación de prestarle la colaboración necesaria para el desarrollo de sus funciones.
El Comisionado de Transparencia y Acceso a la Información Pública es, junto al Consejo Consultivo de Canarias, la Audiencia de Cuentas de Canarias y el Diputado el Común, uno de los cuatro órganos del sistema público canario que no tienen adscripción o dependencia del Gobierno de Canarias, al que controlan, sino que están vinculados al Parlamento de Canarias, ante el que rinden cuentas.
En la reforma del Estatuto de Autonomía de Canarias de 2018, se incluyó al Comisionado de Transparencia de Canarias como uno de los cuatro órganos de relevancia estatutaria en la comunidad autónoma:
Artículo 60. Comisionado de Transparencia y Acceso a la Información Pública.
1. El Comisionado de Transparencia y Acceso a la Información Pública es el órgano de fomento, análisis, control y protección de la transparencia pública y del derecho de acceso a la información pública en el ámbito de la Comunidad Autónoma de Canarias, de acuerdo con lo que establezca la ley.
2. Una ley del Parlamento de Canarias garantizará su actuación con plena capacidad, autonomía e independencia y regulará su organización, funcionamiento y las relaciones con las administraciones públicas, entidades y otros obligados por la ley.
3. El Comisionado de Transparencia y Acceso a la Información Pública será elegido por mayoría de tres quintas partes del Parlamento de Canarias, conforme al procedimiento que la ley determine.